Для людей с аллергиями вакцинация особенна важна, так как они более склонны к частым и затяжным проявлениям различных инфекции (особенно респираторных), в том числе с присоединением бактериальной флоры. При этом на фоне заболеваний происходит обострение аллегопатологии. При аллергии на куриный белок вакцинация против кори, эпидемического паротита, гриппа является безопасной, если аллергия не носит тяжелый, системный характер (отек Квинке, анафилаксия), так как готовая вакцина содержит только следовое (очень незначительное) количество белка. При атопическом дерматите необходимо иммунизировать ребенка от ветряной оспы, так пациенты с аллергическими поражениями кожи находятся в группе риска по тяжелому течению данного заболевания. При острой крапивнице вакцинация проводится после стабилизации состояния и нормализации кожного процесса, примерно через 2 недели. При рецидивирующем или хроническом течении крапивницы иммунизация возможна, при медикаментозном контроле над симптомами и на фоне терапии антигистаминными препаратами. При аллергическом рините, бронхиальной астме для профилактики возможных обострений данных заболеваний необходима вакцинация против гриппа, коклюша, пневмококковой и гемофильной инфекций, кори и ветряной оспы.
Иммунизация должна проводиться вне обострения заболеваний, при контроле состояния здоровья. У детей с аллергией на пыльцу растений (поллинозы) вакцинацию рекомендуется проводить вне сезона поллинации. Необходимо сообщать врачу о любых реакциях на введение вакцин. Иммунизация определенной вакциной противопоказана людям, уже имеющим в анамнезе анафилактические реакции (отек Квинке, анафилактический шок) на её компоненты (антибиотики-аминогликозиды, дрожжи, желатин и др.) или на введение этой вакцины ранее. Рекомендуется оставаться рядом с кабинетом врача минимум 30 мин, чтобы получить своевременную медицинскую помощь в случае развития нежелательных реакции на вакцину.